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Life is Beautiful

主に進化生物学の理論のブログです。不定期更新予定。

数式のあるパラグラフでも行番号を表示させたい

LaTeXでは、lineno.styというスタイルファイルが用意されていて、自動的に・システマティックに、行番号を振ってくれます。

CTANはこちら: CTAN: tex-archive/macros/latex/contrib/lineno

これを作業用ディレクトリに置いて、\usepackage{linenumbers}でインクルードすればおしまいです。

しかしこのままでは問題があります。なんと、数式を含むようなパラグラフには行番号が振られない、というバグ?

これではレビュアーにフラストレーションを与えてしまう。ということで

\newcommand*\patchAmsMathEnvironmentForLineno[1]{%
  \expandafter\let\csname old#1\expandafter\endcsname\csname #1\endcsname
  \expandafter\let\csname oldend#1\expandafter\endcsname\csname end#1\endcsname
  \renewenvironment{#1}%
     {\linenomath\csname old#1\endcsname}%
     {\csname oldend#1\endcsname\endlinenomath}}% 
\newcommand*\patchBothAmsMathEnvironmentsForLineno[1]{%
  \patchAmsMathEnvironmentForLineno{#1}%
  \patchAmsMathEnvironmentForLineno{#1*}}%
\AtBeginDocument{%
\patchBothAmsMathEnvironmentsForLineno{equation}%
\patchBothAmsMathEnvironmentsForLineno{align}%
\patchBothAmsMathEnvironmentsForLineno{flalign}%
\patchBothAmsMathEnvironmentsForLineno{alignat}%
\patchBothAmsMathEnvironmentsForLineno{gather}%
\patchBothAmsMathEnvironmentsForLineno{multline}%
}
\linenumbers

をプリアンブルに書けばよいようです。なお、\usepackage{amsmath}でamsmathスタイルをインクルードするのも忘れずに。

MacBook Pro (2010 mid)のカーネルパニック

Mac Book Proを2011年の春から使っているのですが、(いま思うと)OSをMavericksにアップデートして以来、頻繁にKernel Panicを起こすようになりました。

プレビューアプリやGoogleChromeを使っているときに、画面を切り替えたり、スワイプすると、この症状が起こる、という経験則はありましたが、修理に出しても改善されず。途方に暮れておりました。

これはとても心臓に悪いんです。データが吹っ飛ぶのではないかとか、もう起動しなくなるのではないかとか、祈りながら再起動するMBPを見守ること、100回は超えたでしょう。

そして最近、その症状が猛烈に悪化してきて、どうにかならんもんかと、情弱なりにクラッシュリポートの解読を決意。

すると。

Panic Report

panic(cpu 2 caller 0xffffff7f9da27bd5): "GPU Panic: [] 3 3 7f 0 0 0 0 3 : NVRM[0/1:0:0]: Read Error 0x00000100: CFG 0xffffffff 0xffffffff 0xffffffff, BAR0 0xd2000000 0xffffff9136c9d000 0x0a5480a2, D0, P3/4\n"@/Library/Caches/com.apple.xbs/Sources/AppleGraphicsControl/AppleGraphicsControl-3.12.6/src/AppleMuxControl/kext/GPUPanic.cpp:127

・・・ん?GPU Panic?

ということはディスプレイの問題?どういうこと?ソフトウェアの問題ではなくて?ということでググってみると、同様の症状についてのレポートが出るわ出るわ。。

そして辿り着いたは、こちら。

Macbook Mid 2010 GPUパニックについて | Apple サポートコミュニティ

これや。

残念ながら、無償修理期間が終わっている…数年たらずでこのプログラムを終了させんなよ!という不満はあれど、どうも、このモデルのMBPでは、グラフィックスを、開いているアプリに応じてIntel統合版とNVIDIAとを自動的に切り替えるシステムが採用されているようです。

ははあ。それで、表示アプリを切り替えると、カーネルパニック起こしていたのですね。納得。

さて、それではそのようなダイナミックなスイッチを制御してしまえばよい。そこで、このアプリを淹れてみました。

gfxCardStatus by cody krieger

gfxCardStatus。起動すると右上にアイコンが現れ、制御が可能になります。

f:id:lambtani:20160220173309p:plain

これで「Dynamic Switching」を「Integrated Only」、すなわちIntelのみにしてしまうのです。

すると、アプリごとにGPUを切り替えるという(無駄な)動作を抑えることができます。これでしばらく経過を見守りましょう。

論文を書きたい人のための漫画

新年が明けましたね。個人的には、リ◯ェクト通知がいくつかあって、テンションの低い新年です。

リジェクトというのは出版までに経験することの多いつらい経験です。これにより出版は阻まれます。 僕は今回のいくつかのリジェクトにおいては、いずれもレフェリーは好意的(寄り)でした。エディターが強い門番でした。

f:id:lambtani:20160125234310j:plain

gatekeeperはたくさんいます。時には共著者がそうなる、という話も耳にします。しかし、出版を阻む、もっと大きなファクターがあります。

この門番をパスしないと、出版にはこぎつけられない、その壁とは。そう、著者です。書かないと論文は世には出ないのです。 この当たり前の、前提とも言える、揺るぎない、門番。しかし、それでいて、最も突破困難な門番、それが、著者自身による執筆です。

できる研究者の論文生産術 どうすれば「たくさん」書けるのか (KS科学一般書) | ポール.J・シルヴィア, 高橋 さきの | 本 | Amazon.co.jp

ポール・シルヴィアさんは言いました。多くの研究者は、論文を書けないのではない。書かない。そして、その書かない言い訳を探すこともある、と。その言い訳とは、

  • 時間がとれない
  • もう少し分析しないと、論文読まないと
  • 新しい椅子/PCが必要だ
  • インスピレーションが降りてこない、気分が乗ってこない

なるほど。さもありなん。

そう、僕が思うに、論文を書く・書かないというのは、多かれ少なかれ精神的なハードルの問題です。時間のマネジメントとか、研究上の結果がそれなりに出ている、というベースラインの部分はあれど。しかし、「気持ちの問題」なんて言うと、サッカーの試合解説における精神論「キモチ ミセテクレマシタネー」のようなもので、技術の向上や、勝利(=アクセプト)へのきっかけには程遠い。

論文を書くための精神的ハードルを詳細に分析する上では、上に挙げた「できる研究者の論文生産術 どうすれば「たくさん」書けるのか」に敵う名著はないのですが、研究者以外の目線から執筆モチベーションをあげるマンガを、教えていただきました。

takehiko-i-hayashi.hatenablog.com

の中で紹介されている、東村アキコさんの『かくかくしかじか』。

www.amazon.co.jp

ネタバレをせずに説明しましょう。この漫画は、漫画家である作者自身が、その絵の師匠である『先生』との関係を綴った、エッセイ漫画。 先生の言葉はいつも一貫している。

『描け』

そう、絵を描くには筆を執るしかないのです。たとえ、時間がなくとも。自分の題材・腕が拙くとも。椅子が堅くて痛くとも。 インスピレーションがなくとも。気分が乗らなくとも。

論文も同じ。とにかく

『書く』。

たとえ「時間がなくとも、自分の題材・腕が拙くとも、椅子が堅くて痛くとも、インスピレーションがなくとも、気分が乗らなくとも」やるコト、を人は何と呼ぶでしょう?

それは習慣。たとえ上の「」内のコンディションがすべて満たされていてもご飯は食べるし、寝るし、サッカーはする。

論文を書く習慣をつける。

すべての途上目的はこれに向けられていると言っていいはずです。ラボに毎日いくのも。先生と議論するのも。学会発表するのも。解析を進めるのも。習慣を強化するためのプロセスだと思いましょう。

だから、一夜漬けで何かをやるのはよくない。習慣にならないから。

これに関しては、僕は父からよい教育を受けました。父は、学年でも成績順位のそうとう下だった僕にも、「勉強しろ」とは言いませんでした。 そうではなく、常に彼は言いました。

「勉強する習慣を身に付けろ」

なるほど、なるほど。中学の頃は意味が不明だったその言葉でも、大学受験間近になって、僕はその重要性を理解しました。 ぼくは高校入学当初、一日1時間勉強の習慣を獲得しました。高2に上がる頃には、3時間になっていました。 そして最終的には平日6時間+休日10時間の勉強の習慣を身に着けていました。

「論文を書く習慣を身に付けるべし」

この漫画をはじめて読んだのは、たしか2015年の5月ごろ。それまで僕が投稿した経験のある論文数は、2本。それから、僕が投稿した論文は4本(そしてまだアクセプトはない。険しい道であることよ)。

確かにアクセプトはないが、この漫画を読んで、何かが突き動かされたのは間違いないでしょう。書くために読んで下さい。たぶん、ホットな論文を読むよりも大事。ホットな、あるいはキーとなる論文は、書いている段階で見つけるものだから。

今年の研究成果

2015年が終わろうとしていますが、今年はアクセプトが1つもないという屈辱的な1年となりました。 それどころか、12月までひとつも「よい返事」のない1年で、けっこう厳しい精神状況に追い込まれたというのが事実です。

とはいえ、上半期は間をあけて3ヶ月ほどスイスに行って猛烈に勉強を進め、下半期は心を入れ替えて鬼のように執筆を進めたおかげで、いくつか成果があがりました。

まず、投稿した論文は、4つ。1つはあっという間にリジェクトされてまだ手元で温まっていますが、理論雑誌に出して早々に形にするべきか、それとももっと解析をすすめるか、あるいはコンセプチュアルなベースを固めておいて追加モデル・解析に着手するか、迷いどころです。 他の3つの論文はなかなかハイインパクトなジャーナルに挑戦中ということもあって、早めの成果を狙って、堅い投稿先に据えるのもよいかも知れません。 とりあえず、他の原稿の結果待ち、ということになりそうです。

つづいて、国際学会で二度の発表を行ないました。それだけなら普通なのですが、そこで大量の友達を作ることができたので、かなり顔が効くようになりました。特に、憧れだったWさん、Gさん、Dさん、Rさん、といった大御所たちにも自分のプレゼンスを発揮?できた気がします。とりあえず、彼ら彼女らには、学会が終わってすぐメールを送っておいたので、それなりに親交を深めることが出来たように思います*1

ついでに。フランス語がちょびっと上達しました。スイスはローザンヌというフランス語圏で長く生活を営むうちに、フランス語学習の必要性を強く意識し、トラムの中ではほぼ毎日、フランス語の文法書を読み、ぶつぶつ発音練習も行なっていました。この努力あってか、街なかでもフランス語でお願いごとができるようにはなりました。

最後に。英語が上達しました。書くのは昔から得意だったのですが、会話やディスカッションがかなりスムースになりました。今でもパーティや飲み会になると少し厳しいこともあるのですが、これはかなり顕著な成長でした。

勉強の方はというと、様々なクラスの進化モデルの解析に着手できるようになりました。数値的アプローチへの抵抗*2もなくなりました。

論文のアクセプトはなかったけど、停滞していたD1/D2のころに比べると、とても満足のいく1年になりました。

*1:Gさんは、なんとフェローシップの情報なども事細かにメールで連絡してくれていて、まさにkeep in touchできています。ありがたや!

*2:技術的な部分はさながら、何より、結果が数式で理解できない状況というのに心地の悪さを感じていたからでしょう

引越しのチェックリスト

引っ越しの時ってとても忙しくて慌ただしくて、何をすればいいのか混乱することが多いんです。そんなときは、以下のチェックリストを参照してください。漏れがありませんように。

引越しの10日前までにやっておきたいこと*1

  • 住所異動届、転出届(届け人の印鑑が必要)
  • 印鑑登録(登録印が必要)
  • 福祉関係の手続き [児童手当、乳児医療、etc.](印鑑と転出証明が必要)
  • 国民年金・健康保険(年金手帳・保険証・印鑑・転出証明が必要)

以上すべて、現住所の役場に届ける。

引越しの5日前までにやっておきたいこと

引越し後、10日以内にやっておきたいこと

  • 水道の海鮮手続き(家のタイプごとに必要な書類が異なるらしい…)
  • 自動車の登録変更(車両証明、実印、新住民票、車体検査証、車本体が必要)
  • 住所異動届・転入届(届け人の印鑑、年金手帳、転出証明が必要)
  • 免許証の住所変更(住民票と免許証が必要)

スムーズに引っ越しを済ませたいものですね。そのためにも、ものはあまり所有しない方向でいきたい…

*1:本当は1週間前、と言いたいところなのですが、事業所等の営業日をカウントしないと10日前には思い出しておいたほうがいいと思う。

TREEFINDER (2004) の掲載が取り下げられていた

TREEFINDER (2004) は、分子配列データから系統樹をグラフィカルに描くための有用なソフトウェアとして、これまで1000件ちかく引用されてきました(Google Scholar Citationしらべ):

研究者は、研究に役立つソフトウェアを作った場合には、それに関する論文を投稿したりすることで、世にその存在を知らしめるのですが、そのTREEFINDERはBMC Evolutionary Biologyという、Open Accessのジャーナル、即ち誰でも閲覧可能なジャーナルに掲載されていました。

http://dx.doi.org/10.1186/1471-2148-4-18

ふとしたきっかけでそのサポートサイトを目にしたことがあったのですが、まっさきに目がつく、License change and re-releaseの項目。

Starting from 1st October 2015, I do no longer permit the usage of my TREEFINDER software in the following EU countries: Germany, Austria, France, Netherlands, Belgium, Great Britain, Sweden, Denmark - the countries that together host most of the non-european immigrants. For all other countries, the old license agreement remains valid. USA has already been excluded from using Treefinder in February 2015. This is all in accordance with the license agreement stated in the TREEFINDER manual since the earliest versions, which reserves me the right to change the license agreement at any time. I can do this because Treefinder is my own property.

The reason: I am no longer willing to support with my work the political system in Europe and Germany, of which the science system is part. There is no genuine democracy, and I disagree with almost all of the policies. In particular, I disagree with immigration policy. Immigration to my country harms me, it harms my family, it harms my people. Whoever invites or welcomes immigrants to Europe and Germany is my enemy. Immigration is the huge corporations' interest, not peoples' interest. I am not against helping refugees, but they would have to be kept strictly separated from us Europeans, for some limited time only until they return home, and not being integrated here as cheap workers and additional consumers. Immigration unnecessarily defers the collapse of capitalism, its final crisis. The earlier the system crashes, the more damage can be avoided. Possibly a civil war in Europe. Not to mention the loss of our European genetic and cultural heritage.

…おおおおおおぉぉぉぉ…。なかなかアグレッシブな内容です。日本語になおしてみると…

  • 2015年10月1日より、著者[Jobbさん;以下、J]は、以下のEU圏国におけるTREEFINDERの使用を認めない:ドイツ、オーストリア、フランス、オランダ、ベルギー、イギリス、スウェーデンデンマーク
  • これらの国は連合して、非常に高い割合の非EU移住者を受け入れている
  • それ以外の国における、以前のライセンス同意はいまでも保たれている[のでソフトウェアは使える]
  • アメリカは2015年2月の時点で、すでにTREEFINDER利用可能国から外してある
  • これらはすべて、初期バージョンのTREEFINDERマニュアルにおいて宣言されたライセンス同意に基づいたものであり、そのうえでJはいつでもライセンス同意条項を変更することができる
  • これが可能なのはTREEFINDERがJの所有物[property]だからである

上のようなライセンス同意条項変更の理由

  • Jは今後、自身の研究によってヨーロッパ・ドイツ[以下EU/G]における政治制度(含、科学制度)を支持したくない
  • EU/Gにおける民主制はまったく信頼に足らないし、ほとんどすべての政策にJは反対である
  • 特に、移民に対する政策には猛反対である
  • 我が国[Jの国、ドイツ]への移民は私を、家族を、そして私の友人たち[の権利]を侵害する
  • EU/Gへの移民を招き受け入れる人は皆、Jの敵である
  • 移民[を受け入れる]というのは、大企業の利害でしかなく、人々の利害ではない
  • Jは、難民を幇助するのに反対なのではない;[移民や]難民は、我々ヨーロッパ人からは明確に切り離され、別物として扱われるべきである
  • その受け入れ期間も、無事に帰国するまでの限定的なものであり、格安労働者や浪費者として住まわせるべきではない
  • 移民制度はいたずらに資本主義の崩壊を遅らせる
  • システムの崩壊が早ければ早いほど、被るダメージは軽くて済む
  • ヨーロッパにおける市民戦争も起こりうる[のでそのようなダメージを軽く済ませたい]
  • 我々ヨーロッパ人の遺伝子・文化の損失は、言うまでもない

ひどい…。最後の一文に至っては、政策どうこうを越えた、人種差別的思想でしょう。

しかしこのたび、その論文が取り下げられていていました。

Retraction Note: TREEFINDER: a powerful graphical analysis environment for molecular phylogenetics | BMC Evolutionary Biology | Full Text

The editors of BMC Evolutionary Biology retract this article [1] due to the decision by the corresponding author, Gangolf Jobb, to change the license to the software described in the article. The software is no longer available to all scientists wishing to use it in certain territories. This breaches the journal’s editorial policy on software availability [2] which has been in effect since the time of publication. The other authors of the article, Arndt von Haeseler and Korbinian Strimmer, have no control over the licensing of the software and support the retraction of this article.

別の著者(2人)はライセンスを変更する権限がなく、掲載取り下げに同意しているようです(実際Strimmerさんは、別のポータルサイトでこの件のことを謝罪していた)。

オープンアクセスの価値

興味深いのは、BMC側は、ソフトウェア論文の掲載ポリシーにもとづいて取り下げを行なっていること。BMCはもともとオープンアクセスジャーナルを取り扱うところなのですが、ライセンスが限定される時点で、「オープンアクセシビリティ」が損なわれると考えたのでしょう。このようなオープンアクセシビリティがスタンダートたるべきであることが改めて実感させられます。

集中できる環境を創出する

この便利な時代では、なにか気になることがあったら、すぐに調べることができます。

しかし、この便利さが実は集中力や、作業の継続的な遂行を大きく妨げているのではないかとも思うのです。

たとえば、メール、アラート、SNSの読み込みなど。

かくいう僕も、こうしたものについつい反応はしてしまうので、集中力はとても低いのだと思います。高校の頃は五時間ぶっ通しとかで勉強できたのが、少し信じられません。

ということで、「集中力は、無いものだ」と認めるスタンスにシフトして、「いかに、無い集中力を有たらしめるのか」に努力していることにしています。

そのうえで最も有効だったものは。

  • メールソフトの通知を切る。まとめて返信する。
  • SNSはブラウザ上からシャットアウト。
  • iPhoneからもSNSアプリは消去。
  • あえてPCの電源コードを持ち歩かない。それによって、作業時間の有限性という強迫的な制約を設ける。

最終的にはもちろん集中力が高いに越したことはないのですが、こうして自分を何らかの状況に追い込むというのは、その状況から逃げ出したりした場合には特に自分のだらしなさを如実に表すことに繋がるので、なかなか気に入っています。